作为介于廉租房和商品房性质之间的经济适用房，在上海经历了推出、取消、再推出的过程，而在全国，是继续建造经济适用房，还是取消这一制度，存在着很大争议，争论双方的论据和观点都合乎逻辑。从当前看，经济适用房不能不建，因为我国的住房市场化改革时间不长，社会上存在着一部分既没有享受到当年计划分配住房，又暂时无力从市场获得住房，被称为“夹心层”的群体。他们的住房问题需要通过特定的制度设计来解决。因此，从改善民生角度考虑，尤其是改善中低收入群体的住房条件来看，经济适用房还有其内在的合理性。
但从长远看，经济适用房制度不能一直延续下去，因为这种制度的指导思想还是过去的“居者有其屋”而不是“居者有其居”，如果这种制度延续下去，将导致经济体制和体系的混乱，增加政府资金和管理上的双重压力，也将导致新的资源分配不公平和社会不和谐。
首先，目前的经济适用房制度的公平性将受到质疑。
作为政府，所承担的责任应该是有限的，因为政府用于救助的公共资金和资源是有限的，因此，政府直接救助的应该是社会最困难群体，其救助的对象和力度，都要经得起公众的问责，整个救助行为，要得到公众的认可和监督。对于因为收入底而暂时买不起房的群体来说，大部分都在不同的企事业单位工作，政府应该通过合理的制度设计，提高劳动者的收入水平，让他们能够买得起房，而不是用公共资金和资源来为企、事业单位的不合理分配制度买单。
其次，目前的经济适用房制度的公正性将受到质疑。
以我国的国情，现有的收入分配和计算体系很难保证准确，既然准入门槛的设定、评估、核定和房子的分配，存在一系列不确定因素，产生各种腐败和不公正也就在情理之中。而后期监督更是一个漫长的过程，其中的各种变数更是数不胜数，各种不公正现象将层出不穷。
第三，目前的经济适用房制度的效率也正受到质疑。
经济适用房制度又是一种“摸着石子过河”的制度，设计者尽管参照了海内外各种做法，但缺乏对国情的准确把握，整个制度设计和实施陷于无序和混乱局面，百花齐放，千奇百怪。制度匆匆出台，又草草收场；房子匆匆建造，又纷纷散落，先行者如陷泥潭，后行者不知所措。
另外，由于经济适用房的建造存在对低价的过度追求，导致施工技术、施工
材料和施工监理方面存在缺陷，质量不能得到保证。
第四，经济适用房的经济性也备受质疑。
主要表现为成本极高的配套设施收效很差。为了解决经济适用房用户的生活环境以及未来发展问题，政府往往需要修建大量的配套设施。在推出400万平米的经济适用房的同时，上海市政府投入使用了一批教育、社区服务、公交起讫站、居委会、老年活动室、集中绿地等公建配套设施，还建设了标准化室内菜场、社区卫生服务中心等设施。有一些经济适用住房小区建设地点由于离城区较远，市政基础设施普遍薄弱，完善小区水、电、气、道路、排水等基础设施就需要大量资金投入，还要承担市政项目如中小学、周边道路、桥梁等建设的任务。但由于人口密度和消费能力较低，这些投入的收效很差。比如浦江镇为经适房配套的中小学校生源严重不足，不少父母甚至将房屋空置，带着孩子去市区租房上学。成本和收益出现了巨大的落差。
第五，经济适用房的适用性也备受质疑。
一方面，经济适用房的居住条件、周边环境、房屋质量、物业管理等问题则屡见不鲜，影响生活质量，形成看似经济但并不适用的悖论，使得许多经济适用房被空置，造成浪费。2008年12月，广州推出的2145套经济适用房，只有975套房屋被中低收入家庭认购，余下1170套房遭弃购。杭州部分区域经济适用房弃购率甚至达70%。由于经适房的开发利润较低，因此开发商或者相关建筑方可能会通过降低房屋质量来变相谋求利润，不仅给住户带来损失，还会影响政府的公信力。另外，小区建设、物业管理出现种种问题。较大型的经济适用住房小区都配置了机动车停车位、中心广场、景观绿地等，大大增加了建设成本。而且从经济适用房的使用者来看，大部分买不起车，因此像车库等建设必然造成了相应的浪费，同时也增加了物业上的成本。目前经济适用房小区的物业管理费用普遍偏低，只相当于普通小区物业费的50%甚至30%以下，而且还很难收回，物业公司处于勉强运转甚至亏损运转的状态，长期下去，市场化运作的物业公司可能会“撤离”此类小区，最终只能交由政府托管。
另一方面，本市现有的经济适用房基地，分布在中心城区的四周，尽管政府绞尽脑汁想要提供各种方便，但政府的能力是有限的，而如此众多的民众的需求是无限的。对大量低收入群体而言，拥有更高收入的工作的迫切性更大，而目前的基地周边缺乏足够的产业支撑，大量入住的低收入群体必然四处外出谋生，将导致周边区域人流、物流秩序的混乱和拥堵，除非政府能够保证足够的就地就业。
