此次连同第三方支付机构一起被纳入监管之列的还包括预付卡机构。《实施细则》中规定，预付卡发卡机构与特约商户不属于同一法人者，均适用于《管理办法》，但仅限于发放社会保障金的预付卡、仅限于乘坐公共交通工具的预付卡和仅限于缴纳电话费等通信费用的预付卡除外。如此看来，各种通用预付卡如斯玛特卡、部分地区市民卡均被纳入监管范围。
但对于之前争议颇多的发票问题，《实施细则》中并没有进一步规定。中国预付卡网站负责人周富对本报表示：“目前《实施细则》还处于征求意见状态，我已提出建议应该在规定中加一条，具体开具发票方式，参照国家税务总局与各地方税务局的法律法规执行。”
此外，在客户备付金的概念中明确规定“预付卡中未使用的预付价值对应的货币资金也属于客户备付金。”那么，预付卡这部分资金将需要集中托管在一家银行，并接受监管。周富指出，此前部分预付卡公司挪用客户备付金的情况非常严重，因为预付卡公司仅靠利息是远远不能维持经营的。
《管理办法》第三十条规定，实缴货币资本与备付金日均余额的比例不得低于10%，周富则指出《实施细则》应明确实缴货币资本的调整时间。“比如每个会计年度计算且调整一次。否则一些大的支付机构，业务增长过快，调整会非常麻烦，且占用企业现金流，不利于企业发展。”
另一预付卡公司内部人士对本报表示，预付卡尤其是商业储值卡业务具有很强的季节性变化。通常都是在年底、春节期间出现发卡高峰，如果以那段时间的余额数据为依据，会与全年的平均数据有较大差异，因而对于支付机构的实缴资本压力过大。相反，用淡季的余额做测算，又会减少风险测算基数。
周富还指出，预付卡有效期通常为两年，有效期结束后很多人卡内仍有部分资金余额，对于预付卡这部分残值如何处理，《实施细则》中也尚无明确规定。
