一、管理人报酬排除补偿的例外情形
在某些特定情形下，虽然存在管理人报酬不足以支付管理人工作成本的情况，但管理人报酬基金不应补偿：
（一）管理人已经发现或应当发现债务人无财产可供分配，但未及时请求人民法院裁定终结破产程序，且继续进行破产管理工作，导致管理人工作成本增加的，管理人报酬基金对不当增加的工作成本应不予补偿。《企业破产法》第120条第1款规定，“破产人无财产可供分配的，管理人应当请求人民法院裁定终结破产程序”。据此，管理人一旦发现债务人无财产可供分配的情况，应立即请求人民法院裁定终结破产程序，如其迟迟不履行此项义务且继续进行破产管理而产生的扩大损失，应由管理人自行承担。
（二）债权人、债务人的出资人、政府主管部门或者其他利害关系人对管理人报酬低于管理人工作成本的差额已予补偿或已部分补偿的，管理人报酬基金对已补偿的部分不再重复补偿。如本文前述案例中，债务人的企业主管部门自愿向管理人支付了部分工作成本，那么此部分工作成本就不能再列入管理人报酬基金的补偿范围。
（三）管理人存在违反勤勉、忠实义务等过错情形的，管理人报酬基金不予补偿。这是对在破产管理过程中存在过错行为的管理人的惩戒。
二、基金收支运作的监管机制
对管理人报酬基金，应设置专项账户加以管理；其资金运作应遵循安全性与流动性原则，一般应限于银行存款的形式，不得用于股权投资、房地产投资、实业投资等风险性投资。账户内的资金收支和运作情况应登记成簿，并附相关各项原始凭证(包括从管理人报酬中提取管理人报酬基金的通知书、从管理人报酬基金中支取管理人报酬补偿的通知书、资金进出管理人报酬基金账户的银行凭证、款项收据及领据等)，向所有参加管理人报酬基金协会的社会中介机构公开并接受查阅质询。
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