一、关于公司股东会决议的效力问题
合法的股东会决议应当包括决议的程序合法、内容合法。公司股东会的决议行为违反《公司法》关于股东会召开程序的规定，其内容违反法律的规定，且该决议应认定为无效。股权转让协议的认定应以股东意思自治为原则，只要协议不违反法律上禁止转让的规定，就具有法律效力。
股东会作为公司的权力机构，对公司的重要事项享有决定权，因此，股东会的职权和决议均不得违反法律的强行性规定与公序良俗原则，不得作出违法的决议。合法的股东会决议应当包括决议程序合法、内容合法。公司股东会的决议行为违反了公司法关于股东会召开程序的规定，股东会决议的内容违反了法律的规定，那么该决议应认定为无效，且自始无效。
二、关于股权转让协议的效力与股权变更的关系问题
根据《公司法》规定，工商过户登记仅为所有股权转让的公示方式，并非股权转让协议的生效要件，未经工商登记并不能认定股权转让协议无效，协议双方仍应依约定履行各自义务。
1．股权转让协议的合法性判断
根据《合同法》及相关司法解释的规定，合同是当事人双方的真实意思表示，是签订者意思自治的体现，只要在签订合同时，不存在当事人意思不真实的情形，也不违反法律禁止转让的规定，该合同就具有法律效力，对转让人与受让人具有约束力。一般而言，符合以下四点的股权转让协议即为有效：(1)股东转让的股权真实完整，不存在瑕疵；(2)转让人与受让人就转让事宜意思表示真实；(3)向股东以外的其他人转让出资，经过半数以上的股东同意
(4)不侵害其他股东的优先购买权。
2．股权变更登记不是股权转让协议的生效要件
工商登记作为一种行政管理行为，仅在公司外部产生一种行政法律关系，属宣示性登记而非设权性登记，主要体现为证权性功能，从而使公司有关登记事项具有公示性。而股权在本质上属于私权，是一种具有财产属性的权利，股东对股权的转让，在一定意义上是对其财产的处分方式，也是一种商事行为，具有明显的私权特征，未经登记并不会导致商事行为无效，只是该事项不具有对抗第三人的效力。股权转让协议是当事人之间约定由一方向他方转让股权并由他方向对方给付股权价款的有关权利义务关系的合同，属《合同法》调整范畴，其效力的判断应当依照《合同法》的相关规定认定。我国现行立法并未规定有限责任公司股权转让合同必须在办理工商登记后才能生效，所以，只要双方对转让达成一致，并且已经满足强行法的限定条件，就无理由对当事人的意思自治再加以限制。由此看来，工商登记是公示方式，转让协议是合同之债的设立，前者是后者履行后的法律后果，属两个不同的法律事实。因此，股权变更登记不是对股权转让合同效力进行评价的标准，股权是否经过户登记并不影响股权转让协议的生效。
