一、股权激励的特殊性
（一）资本股份化问题
由于有限责任公司的资本不划分为等额股份，也不发行股票，没有明确的股份价格和数量。要实施股权激励方案，首先要将公司的资本划分为若干个虚拟股份，利用公司内部对公司资产的评估与核算，对公司的资本进行股份化。并由有限责任公司签发股东持股证明，与普通股票类似，形成自己的虚拟股票。从而使公司顺利实行股权激励计划。
（二）股东人数的限制
按《公司法》的规定，有限责任公司由五十个以下股东出资设立。受此限制，有限责任公司实行股权激励计划后，股东人数也不得超过50人。如果有限责任公司规模较小，激励对象范围较窄，受股东人数限制的影响不大。但是，如果有限责任公司要实行较广范的股权激励计划，就会遇到困难。为解决这一问题，许多公司采用间接持股方式来解决，即员工不直接以股东身份持股，而通过其它持股载体来享有股权。
信托方式是将员工持股的职能委托给信托机构行使，由信托机构按委托人意愿进行管理或者处分。一般由公司采用预提方式提取激励基金，激励对象授权公司委托信托机构采用独立运作的方式，在规定的时间内用上述激励基金购入本公司股份，并在条件成就时过户给激励对象。其优点在于避开了一切法律障碍，只须遵守《信托法》，而且既可融资，也可以有效地实现股权流动。但问题是操作复杂，而且需要支付额外的成本，公司员工接受程度比较低。
因此，除非有限责任公司要实行较广范的股权激励计划，股东人数要超过50人，否则还是应该采用直接持股的方式。本文也主要是从直接持股的角度进行探讨。 （三）股价的确定
有限责任公司的股份不能上市流通，因此股份的价格只能依据内部价格来确定。通常由公司或公司委托的专业中介机构，根据公司的各项财务指标来确定。定价时主要考虑三方面因素：一是定价要反映公司达到某种财务标准；二是假设股票上市，在模拟市场中股票从长期角度看定价应是多少；三是行业总体水平。
二、股票来源方式选择需要注意的问题
实际操作中，为避免对股权激励方案持异议股东的阻挠，需要在实施股权激励方案前，通过股东会决议方式修改公司章程，在章程中规定，因股权激励而转让股权的不受72条第一款和第二款的限制，而由公司股权激励管理办法规定。
《北京市产权交易管理规定》（2005年6月15日北京市人民政府第159号令）第五条规定：“本市所属企业国有产权的交易，应当在市国有资产监督管理机构选择确定的产权交易机构公开进行。金融类企业国有产权转让和上市公司的国有股权转让，依照国家有关规定执行。城镇集体企业产权以及其他产权的交易，可以在产权交易机构进行。”
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