新三板挂牌后的资本运作，是挂牌企业在股份制改造、挂牌筹划期间资本运作之后的又一轮资本运作。这一时期的资本运作主要围股权进行，是各种股权融资手段的集中体现。各种资本运作都需要履行信息披露义务并按法定要求进行，具有很强的公开性和规范性特征。以下为企业挂牌后主要的资本运作方式。
一、定向增资
定向增资是指非公开地向特定投资者发行股票的行为。在我国，上市公司的定向增发受到《上市公司证券发型管理办法》和《上市公司非公开发型股票实施细则》两个文件的约束。而新三板挂牌公司的定向增资行为，虽然没有上市公司要求严格，但也受到证券业协会和证券交易所的监管，但这并不影响挂牌公司对这一融资工具的运用。
二、并购重组
企业并购是指收购方以货币、有价证券或者其他形式购买被收购企业的全部或部分股权或资产。购买股权的称为股权并购，购买资产的称为资产并购。企业并购一般作为并购企业对被并购企业的控制手段，也可以作为先前投资者的退出方式，是一种重要的投融资手段。重组是指企业制定和控制的，将显著改变企业组织形式、经营范围或经营方式的计划实施行为，包括股份分拆、合并、资本缩减(部分偿还)等。常见的企业重组有出售或终止企业的部分经营业务，对企业的组织结构进行较大调整，关闭企业的部分营业场所，或将营业活动由一个地区迁移到其他地区等。企业并购完成后，需要进行重组，以实现资源整合。
目前而言，上市公司的并购重组受到严格监管，而新三板挂牌企业的并购重组作为非上市公司只需要按照一般的并购重组流程操作即可，只受到中国证券业协会的较松监管。
三、股权激励
股权激励市公司在一定条件下向公司管理人员或技术人员等特定对象授予股权的激励模式。上市公司和国有企业的股权激励受到有关法律法规的严格监管，其他企业的股权激励没有相应监管要求。目前，我国对新三板企业的股权激励没有具体的监管要求，只需要按照非上市公司的股权激励操作流程进行即可，并适当履行信息披露义务。
四、转板
转板即企业从新三板进入场内证券交易市场，即进入主板、中小板或创业板上市。企业在经历了新三板挂牌和新三板挂牌后资本运作阶段之后，自身的管理能力及规范性已经得到很大的提升，在时机成熟时可以做好转板的准备。
