一、股权收购和资产收购混淆不清而发生的纠纷
资产并购是并购人与资产所在的公司之间的就购买资产达成的协议，而股权并购是并购人就被并购的公司的股东，就该公司的股权转让达成协议，从而转移股权的所有权的协议。实践中，企业在收购别的企业的时候，以为公司的资产就是股东的资产，所以先和对方的股东就主要资产购买达成了协议，然后，再谈定一个价格把公司的股权转让过来。
1、这里就发生了明显的矛盾，公司的资产是公司所有，其权利人只能是公司本身，而不是公司的股东，股东处置这些资产可以通过股东会决议然后由公司来签署，但是不意味着公司的资产就是股东的资产，因为法律上，股东是一个独立的法律主体，而公司本身也是一个独立的法律主体，不能混淆对待。
2、而且资产并购后，公司只剩一个空壳，一般会要求其禁止与原公司同业经营，甚至要求其履行清算程序注销。而有些并购把资产并购和股权并购混为一谈，在资产并购完成后，又签订股权转让协议，这样就给自己带来了巨大的风险。其一，公司的资产被并购后，公司已经没有存在价值，继续签订股权转让协议，只能让被并购的公司的一些隐藏的债务都由自己承担下来，使并购的成本大幅增加。其二、股权并购就包括了通过控制公司来控制全部资产，再签订资产并购协议，就是一个重复计价的过程，实际上造成了重大的误解。
二、股权转让协议没有股东会的批准
股权转让，在多个股东并存的情况下，应当由公司的股东会批准转让，必须半数以上的股权同意转让方为有效。但是，经常股权转让的双方不履行这个手续，结果签订了股权转让协议后，工商行政管理部门不给过户，而即使过户了，其他股东提出异议的时候，也可能被法院宣告无效，因此造成购买了股权，也投了资，结果却被判股权转让无效。
三、没有通知其他股东，其他股东主张优先购买权
这种情况是和上述纠纷关联的，按照公司法的规定，同等条件下，其他股东有优先购买原股东对外转让的股权。在签订股权转让协议后，没有通知其他股东，也没有就转让进行股东会的表决同意，在股权转让完成后，其他股东可以以未能行使股权的优先购买权为由，要求确认转让无效，这种情况，很可能导致股权转让无效，或者受让人不得不再支付额外的钱来赔偿该股东。
