瑕疵股权中的瑕疵，可能是指股权本身的瑕疵。这里面存在立法不周延的地方。以股权质押为例。上市公司股票和办理托管登记的股份公司的股票，如果办理质押，登记机关是中登公司或者托管中心。有限责任公司股权以及未上市未办理托管登记的股份有限公司的股份，质押登记由工商部门负责。这里就出现了问题：如果未上市也没有办理托管的股份公司的股份进行转让，根据《公司法》的规定，公司无记名股票只要交付就发生了股权转让的效果。有限公司股权是否存在质押的情况，还可以通过查阅工商档案看出。而且，所有有限责任公司的股东均需要记载在公司章程上。
但股份公司就不一样，公司章程中只需要登记发起人。在工商部门办理股权质押的时候，登记机关只需要股票的复印件就可以办理质押登记。但这时，如果股份公司既未上市也未办理股票托管，转让股权的人又仅仅是普通股东（不是发起人，也未在工商机关进行登记），他的股权恰好又办理了质押登记。对于这样的股票交付而形成的股权转让，就涉及到保护善意的股权受让人还是保护质权人的问题。这个问题确实是一个问题，至少法律上没法找出明确的答案。
另一种情况，瑕疵股权转让的瑕疵股权是指股权出资存在瑕疵。这种情况下，股权受让人可以基于欺诈要求撤销股权转让合同。如果已经丧失了撤销权，股权转让协议在双方就发生了效力。特别是在公司内部进行的股权转让，瑕疵股权并非不可转让的标的。对于瑕疵股权，如果受让人明确知道瑕疵或者可推定其知道瑕疵，这种股权转让是有效的。对于瑕疵股权转让人，公司仍可基于出资关系追究其出资瑕疵的责任，这种资本充实责任不受诉讼时效限制。
