主体不同
三方协议，全称为《全国普通高等学校毕业生就业协议书》，是用人单位、毕业生、学校作为三方，三者相互关联又彼此独立。。该协议是明确毕业生在就业工作中的权利义务的书面表现形式，并对应届毕业生的户籍、档案、保险、公积金等相关问题进行了约定。协议的效力在毕业生凭报到证到单位报到、用人单位正式接收后自行终止。
劳动合同，一般是三方协议终止后，劳动者与用人单位签订的工作协议，其确立了双方之间的劳动关系，明确了彼此的权利义务。劳动合同的订立与内容受到《劳动法》、《劳动合同法》等一系列法律法规的限定与保护。
内容不同
三方协议的内容，主要是登记了应届毕业生与用人单位的基本情形，毕业生表示其愿意接受用人单位的待遇并就业，用人单位表示愿意接受该毕业生，学校作为第三方同意推荐该毕业生并列入就业方案。三方协议的主要作用是表现用人单位愿意接收签订协议的应届毕业生，而没有对相应的就职权利义务予以进一步的明确。
而劳动合同主要是对劳动者和用人单位双方的权利义务进行协商并予以明确的书面表现形式，规定了劳动者的劳动报酬、劳动保护、工作内容、休息休假、劳动纪律等方面的内容。当三方协议约定的内容与劳动合同的条款有所出入时，一般以劳动合同为准。
时效问题
关于三方协议的时效，前文已有提及，其有效期自三方签约之日起开始计算，至应届毕业生到相应的用人单位报到之日终止。毕业生签订就业协议时仍然是学生身份，也就是说，三方协议只能是应届毕业生的专属协议。
而劳动合同，往往是三方协议终止时，在毕业生到用人单位报到之后重新签订的。劳动合同的有效期视合同上记载的有效期而定，一般由劳动者与用人单位进行协商并达成共识。劳动者一旦与用人单位签订劳动合同，三方协议的效力应当丧失。
因此，应届毕业生在到达用人单位报到之后，应当提出与用人单位签订正式的劳动合同，以维护自身的合法权益。
