一、女职工违法生育单位能扣工资吗
首先，违法生育与劳动合同属于两种法律关系。你未经有关部门批准生育第二胎，是一种违反计划生育法律、法规的行为，应当承担的是行政法律责任，即必须依据《人口与计划生育法》第十八条、第四十一条之规定，依法缴纳社会抚养费等。但该违法行为及你所应承担的行政责任，同公司与你的劳动关系并不关联，也不能混同。同时，对非法生育者征收社会抚养费的处罚主体也只能是计划生育主管部门，而非用人单位。本案自然不能例外。当然，这并不等于你的行为正当，也不等于公司无权进行举报。
其次，公司不得借口非法生育克扣你的工资。《对<工资支付暂行规定>有关问题的补充规定》第三条规定：“‘克扣’系指用人单位无正当理由扣减劳动者应得工资(即在劳动者已提供正常劳动的前提下用人单位按劳动合同规定的标准应当支付给劳动者的全部劳动报酬)。”你已正常上班并完成相应工作，公司却扣减一半工资，明显构成克扣。而克扣工资的行为为法律所禁止。
一方面，《劳动法》第五十条规定：“工资应当以货币形式按月支付给劳动者本人。不得克扣或者无故拖欠劳动者的工资。”《女职工劳动保护特别规定》第五条也指出：“用人单位不得因女职工怀孕、生育、哺乳降低其工资、予以辞退、与其解除劳动或者聘用合同。”即无论职工是否违法怀孕、生育，都不能否认其怀孕、生育的客观事实，用人单位均不得借口克扣工资。
另一方面，根据《工资支付暂行规定》第十五条之规定，用人单位可以扣除劳动者工资的法定情形包括：“(一)用人单位代扣代缴的个人所得税;(二)用人单位代扣代缴的应由劳动者个人负担的各项社会保险费用;(三)法院判决、裁定中要求代扣的抚养费、赡养费;(四)法律、法规规定可以从劳动者工资中扣除的其他费用。”而其中并未提及非法生育。
二、单位私扣工资的后果
公司应当承担克扣工资的法律责任。因为《劳动合同法》第八十五条规定，对“未按照劳动合同的约定或者国家规定及时足额支付劳动者劳动报酬的”，可由劳动行政部门责令限期支付，逾期不支付的，可以责令用人单位按应付金额百分之五十以上百分之一百以下的标准向劳动者加付赔偿金。
