一、关于申请仲裁员回避的程序问题
1、关于回避申请的时间。仲裁员自行回避的提出时间，法律无明文规定。但对当事人申请仲裁员回避的时间，则是有时间限制的，当事人未在规定期间内提出回避申请，则其申请回避的权利即归于消灭。
2、关于回避决定的权力主体。无论是仲裁员自行提出回避，还是当事人依法提出回避申请，仲裁员是否回避，都要由特定的机构或特定的人员对回避事由进行审查，并作出是否准许回避的决定。我国《仲裁法》将决定仲裁员是否回避的决定赋予了仲裁委员会。仲裁员是否回避由仲裁委员会决定；仲裁委员会主任担任仲裁员时，由仲裁委员会集体决定。
3、关于当事人的举证责任。当事人申请回避时应当说明事实和理由并提供证据，即所谓“谁主张、谁举证”，以便仲裁机构进行审查，作出仲裁员是否回避的决定，同时也防止当事人滥用回避申请权，拖延仲裁程序。
二、关于回避决定的法律效果问题
从我国仲裁法的规定来看，在仲裁过程中，如果仲裁委主任对当事人的回避申请作出了决定，该决定为终局的，这一点不同于诉讼法中允许当事人复议一次的规定。但是，一旦仲裁裁决作出后，当事人如果提出撤销或者不予执行裁决的申请，法院均将“仲裁庭的组成违反法定程序”作为审查的内容之一。实践中也出现过法院以“仲裁员应当回避而未回避”为由撤销仲裁裁决的判例。因此，在现行法律框架下，如果确实存在法定回避情形，仲裁员应当主动回避，仲裁委主任也应当以决定书的形式认定回避异议成立，以减少仲裁裁决作出后司法监督的风险。
