1、仲裁机构名称有瑕疵
由于当事人对仲裁机构的认识不深，往往在订立仲裁协议的时候无法正确表述仲裁委员会的名称。以“上海仲裁委员会”为例，当事人往往会表述成“上海市仲裁委员会”、“上海市政府所属的仲裁委员会、“上海市经济仲裁委员会”等等。这些表述虽然存在一定瑕疵，但是在文字和逻辑上没有歧义，并且能够从文字和逻辑上确定仲裁机构。1998年4月2日，最高人民法院给中国国际经济贸易仲裁委员会的复函中指出：该合营合同的约定争议解决方式是提交仲裁，虽然当事人的仲裁条款中将你的名称漏掉“经济”二字，但不影响仲裁条款的效力。上海市高院《关于执行<中华人民共和国仲裁法>若干问题的处理意见》也体现了这一精神。因此，对于仲裁机构的名称有瑕疵的仲裁协议，如果其文字和逻辑没有歧义，可以辨别和确定当事人选择的仲裁机构，就应当认定仲裁协议有效。
2、选择的仲裁机构不存在
选择的仲裁机构不存在可以分为两种情况，一种情况是由于对仲裁机构名称不了解，导致援引的仲裁机构名称有瑕疵，这种情况在上文已经做了分析。对此，只要能辨别出仲裁机构，就应当认定仲裁协议有效。另一种情况是由于对仲裁机构设置不了解，导致约定的仲裁机构根本不存在。如有的仲裁协议约定：发生争议以后由上海市浦东新区仲裁委员会仲裁。根据《仲裁法》第十一条的规定，仲裁委员会可以在直辖市和省、自治区人民政府所在地的市设立，也可以根据需要在其他设立区的市设立，不按行政区划层层设立。由此可见，当事人所约定的“上海市浦东新区仲裁委员会”是不存在的，这种情况下双方的仲裁协议是无法执行的，故应当认定双方的仲裁协议无效。
3、选择两个或两个以上仲裁机构
仲裁协议约定由某地的仲裁机构仲裁且该地仅有一个仲裁机构的，该仲裁机构视为约定的仲裁机构。该地有两个以上仲裁机构的，当事人可以协议选择其中的一个仲裁机构申请仲裁；当事人不能就仲裁机构选择达成一致的，仲裁协议无效。
4、只约定仲裁地点未约定仲裁机构
对于只约定仲裁地点而未约定仲裁机构的仲裁协议的效力问题，最高人民法院共有三个相关文件。(1)确认无效。1997年3月9日给浙江省高院的复函中认为：合同仲裁条款中双方当事人仅约定仲裁地点，而对仲裁机构没有约定，发生争议后，当事人就仲裁机构达不成补充协议，则认定本案所涉仲裁条款无效;(2)确认有效。1998年7月6日给河北省高院的复函中认为：合同中虽未写明仲裁委员会的名称，仅约定仲裁机构为“甲方所在地仲裁机关”，但鉴于在当地只有一个仲裁委员会，即石家庄仲裁委员会，故该约定应认定是明确的，该仲裁条款合法有效;(3)根据仲裁协议达成的时间确认。1998年10月26日给山东省高院的批复中认为：在《仲裁法》实施后重新组建仲裁机构前，当事人达成的仲裁协议只约定了仲裁地点，未约定仲裁机构，双方当事人在补充协议中选定了在该地点依法重新组建的仲裁机构，仲裁协议有效;双方当事人达不成补充协议的仲裁协议无效。
因此，对于约定仲裁机构存在以上各种瑕疵的仲裁协议，在效力上并非当然无效，而是经双方当事人协议选择后确定，法院也并不当然享有管辖权。 对司法实践中引发的纠纷，如果需要走诉讼程序，建议最好事先咨询相关的专家律师，以少走弯路，更好地解决自己所面临的问题。
