一、如何确定劫持航空器罪管辖
本罪的管辖权问题1987年6月23日全国人大常委会通过《关于对中华人民共和国缔结或者参加的国际条约所规定的罪行行使刑事管辖权的决定》规定：对于中华人民共和国缔结或者参加的国际条约所规定的罪行，中华人民共和国在所承担条约义务的范围内，行使刑事管辖权。我国刑法第9条规定：对于中华人民共和国缔结或者参加的国际条约所规定的罪行，中华人民共和国在所承担条约义务的范围内行使刑事管辖权的，适用本法。
我国先后加入了《东京公约》、《海牙公约》和《蒙特利尔公约》。《东京公约》的规定主要是以所谓旗帜法为依据的，也就是说，管辖权由航空器登记国行使。但《海牙公约》、《蒙特利尔公约》均规定了普遍管辖原则，要求缔约国对公约规定的罪犯或起诉或引渡。
普遍管辖原则，亦称世界主义原则，是指对于某些危及人类安全的国际犯罪，不论犯罪人国籍如何以及犯罪地何在，也不论侵犯了何国利益，世界各国均对其具有管辖权。对于劫持航空器罪，我国及其他各缔约国均可以根据国际公约规定，不论犯罪行为或者犯罪结果发生在何地，也不论犯罪人国籍如何，只要犯罪人在本国境内，就可以对其行使刑事司法管辖权，并依照本国法律予以惩治。应当强调的是，根据三个国际公约规定的原则和基本精神及我国刑法规定，凡劫持我国航空器进入他国的，我国仍对犯罪分子具有刑事司法管辖权，有关国际或地区的司法当局应根据有关国际公约的引渡条款予以配合。
所以，对于本罪的罪犯，在下列情形下，我国有权行使管辖权：
（一）在我国登记的航空器内犯本罪；
（二）在里面发生犯罪的航空器，在我国领土上降落而嫌疑犯还在该航空器内；
（三）在租来时不带机组的航空器内犯有罪行而租机人在我国有主要营业地，或无主要营业地而有永久住所。
我国对罪犯实施管辖权，就应依照我国刑法的有关规定予以惩处，即根据本条规定定罪量刑。根据上述公约，即便不属于前述的三种情形，如果犯本罪的嫌疑犯进入我国境内，我国不予引渡时，也应行使管辖权，依我国刑法的有关规定予以惩处。
二、劫持航空器罪如何处罚
处罚犯本罪的，处十年以上有期徒刑或者无期徒刑；致人重伤、死亡或者使航空器遭受严重破坏的，处死刑。
对于劫持航空器的犯罪分子，本条设置了2个量刑档次，即分别情节一般和情节特别严重不同情况予以分别处罚：
其一，情节一般的，处10年以上有期徒刑或者无期徒刑；
其二，致人重伤、死亡或者使航空器遭受严重破坏或者情节特别严重的，处死刑。
从本条规定可以看出，对劫持航空器罪的处罚总体上体现了重罚精神，具体说主要体现在两个方面：
一是将最低刑期规定为10年，也就是说只要实施了劫持航空器的行为，无论是否造成后果，最低都将被判处10年有期徒刑（除了具有刑法总则规定的减轻、免除处罚情节的），这在我国的刑罚体例中是少见的。
二是劫持航空器造成严重后果的，只规定了死刑一个刑种，没有丝毫的选择余地。
我们认为，对于劫持航空器的行为予以重罚，符合罪刑相适应的基本原则，作为惩戒这种犯罪的手段和实现对犯罪后果的某种补偿是十分必要的。
需要指出的是，情节轻重是依法惩治劫持航空器犯罪分子的重要依据，认定情节轻重，应从犯罪的动机和目的，劫持的具体行为方式，所造成的危害后果等方面进行全面的分析认定。应处死刑的劫持航空器行为，除了致人重伤、死亡或者使航空器遭受严重破坏的以外，还有情节特别严重的。所谓情节特别严重，主要是指虽末造成致人重伤，死亡或者使航空器遭受严重破坏的后果，但犯罪手段恶劣，造成特别严重的政治影响或造成其他重大损失的等等，如以暴力或暴力威胁拒捕的；在航空器处于危险的状况下，仍强迫飞行、拒绝迫降的；降落于非预定的降落地，羁留航空器上的人员，以待回赎或让其做违反其意志的服务，使航空器改变飞行计划的；意图毁弃或损坏航空器或其所装载的设备而使用炸药或纵火器具，并引起爆炸或火灾的等等。
