一、金融凭证诈骗罪与诈骗罪的区别
本罪与诈骗罪，两者之间存在着法条竞合关系。行为人以金融凭证进行诈骗属于诈骗罪的一种表现形式，前者即本罪为特别法条，后者即诈骗罪为一般法条。根据法条竞合适用的原则，除有特别规定的除外，应依特别法条在这里即为本罪定罪量刑。
从理论上看，它们有许多相同之处。但区别主要是：
（一）诈骗行为发生的时空不同。前者只能发生在金融活动中；后者只能发生在金融活动以外。
（二）诈骗的方式不同。前者是通过使用伪造、变造的委托收款凭证等其他银行结算凭证这一金融道具实施的；后者是使用法律没有明文规定的道具实施的。
（三）犯罪客体不同。前者侵犯的是复杂客体，即国家对金融凭证的监督、管理制度和公私财产所有权；后者只是公私财产的所有权。
（四）犯罪主体不同。前者包括自然人和单位；后者只能是自然人。实践中，如果行为人在非金融活动中使用伪造、变造的其他银行结算凭证实施诈骗，构成犯罪的应当以诈骗罪定罪处罚。反之，金融活动中使用伪造、变造的其他银行结算凭证进行诈骗，构成犯罪的则应当以金融凭证诈骗罪定罪处罚。
二、金融凭证诈骗罪与票据诈骗罪的区别
与票据诈骗罪、信用卡诈骗罪、信用证诈骗罪的界限。从理论上说，它们的主要区别是：
（一）实施诈骗时所使用的金融道具不同。前者所使用的只能是伪造、变造的其他银行结算凭证；后者使用的分别是票据、信用卡或信用证，可以是伪造、变造的或真实的。
（二）诈骗的手段不尽相同。前者只有使用行为一种；后者除使用行为外，还包括其他法定的行为方式，如签发空头支票或无资金保证的汇票、本票，骗取信用证或其他方法的，恶意透支的等。
（三）犯罪的直接客体不尽相同。前者侵犯的是国家对其他银行结算凭证的监督、管理制度和公私财产所有权；后者侵犯的分别是国家对金融票据、信用卡、信用证的监督、管理制度和公私财产所有权。实践中，如果从票据、信用卡、信用证均具有银行结算功能看，刑法对金融凭证诈骗罪的规定是属于普通性罪名，而对票据诈骗罪、信用卡诈骗罪、信用证诈骗罪规定则属于特殊性罪名，按照法学理论关于特别法优先于普通法适用的一般精神，对以票据、信用卡、信用证实施诈骗构成犯罪的，只能以票据诈骗罪、信用卡诈骗罪、信用证诈骗罪定罪处罚，不能以金融凭证诈骗罪定罪处罚。
