认真研究玩忽职守罪的认定问题，有效地把握罪与非罪、此罪与彼罪的界限，对于侦破玩忽职守罪具有十分重要的意义。
一、正确区分罪与非罪的界限
1．玩忽职守罪与工作失误的界限
工作失误与玩忽职守罪在客观上都可能造成公共财产、国家和人民利益遭受重大损失，但二者还是有区别的。二者的区别在于对待职守的心理态度：工作失误者并没有违反其职责义务，相反甚至是十分认真地履行了职责，只是由于行为人工作能力有限、业务水平不高、客观条件变化而判断失误等原因，结果造成了损失，但主观上并没有过失；而玩忽职守罪的行为人不仅在客观上具有玩忽职守行为，而且在主观上具有过失，即存在疏忽大意的过失和过于自信的过失。
2．玩忽职守罪与一般玩忽职守行为的界限
一般玩忽职守行为，行为人只是具有玩忽职守行为，其玩忽职守行为并没有造成公共财产、国家和人民利益遭受损失；或者虽然造成了一定的损失，但并没有达到重大的程度；而玩忽职守罪，行为人不仅具有玩忽职守行为，而且还给公共财产、国家和人民利益遭受了重大损失。因此，对于一般的玩忽职守行为，可视不同的情况给予党政纪处理，但不能追究行为人的玩忽职守罪责任。
3．玩忽职守罪与意外事件的区别
二者的相同之处在于都造成了“重大损失”的后果，但意外事件是由于行为人不能抗拒或者不能预见的原因造成的；而玩忽职守罪的行为人对于危害后果是能够预见的，但因疏忽大意没有预见，或已经预见但轻信能够避免。
二、此罪与滥用职权罪的区别
这两个罪在侵犯的客体、危害后果和主体上基本相同，区别主要在于：
1 主观方面有所不同。滥用职权罪既存在直接故意，也存在间接故意，而玩忽职守罪只存在间接故意；滥用职权罪只存在过于自信的过失，而玩忽职守罪既存在过于自信的过失，也存在疏忽大意的过失。
2 客观行为表现不完全相同。滥用职权罪主要表现为违反法律规定的程序和权限，是一种积极的作为；而玩忽职守罪表现为不履行或者不认真履行职责的行为，是一种作为或不作为的方式。
三、此罪与《刑法》其他玩忽职守性质的犯罪的界限
我国《刑法》其他章节或条文中，规定了一些安全事故如重大劳动安全事故罪、失职犯罪如失职致使在押人员脱逃罪等罪名。这些犯罪很多是从原来修订前的《刑法》有关玩忽职守罪中分离出来的，这些犯罪与玩忽职守罪相同之处在于：主观上表现为过失，客观上都有不履行或者不认真履行职责的玩忽职守行为，且都造成公共财产、国家和人民利益的重大损失。但区别也是明显的：
1主体不同。玩忽职守罪的主体只能是国家机关工作人员，而其他玩忽职守性质的犯罪的主体，则不一定是国家机关工作人员。
2侵害的客体不同。玩忽职守罪侵害的客体是国家机关的正常管理活动，而其他玩忽职守性质的犯罪则不是，如重大劳动安全事故罪侵犯的是公共安全。
3行为发生的场合不同。玩忽职守犯罪的行为发生在国家机关的管理活动中，而有关玩忽职守性质的犯罪行为发生的场合往往带有明显的专业性、行业性，如失职致使在押人员脱逃罪，发生的场合是监管、看押、押解在押人员途中。
四、于玩忽职守罪责任主体的认定问题
在玩忽职守罪中，有时会牵涉到多名责任人，即危害后果往往是由数人的行为综合作用而造成的，即“一果多因”。在确定玩忽职守罪的责任主体时，应当准确区分直接责任人和间接责任人，主要根据玩忽职守行为与重大损失后果之间有无内在、必然的因果关系加以区分。如果行为人的行为与重大损失后果之间具有内在的、必然的因果关系，则行为人是直接责任人，应依法追究其玩忽职守罪的责任；反之，则视情况而定。如行为人虽然是间接责任人，但其玩忽职守行为所造成的后果特别巨大，则应承担相应的刑事责任（当然，处罚时与直接责任人相比，可从轻处罚），否则，只能作相应的行政处罚。
