商标专用权质押合同自合同双方签订合同时生效，而商标专用权的质押权利则在质押合同向相关主管部门办理出质登记时生效。

质押合同的生效与质押权利的生效是两个不同的概念，前者是债权，后者是担保物权，合同只要经过双方的合意达成一致即可生效，物权的生效则要经过权力机关法定的程序。我国之前的法律一直没有把两个概念区分开来，直至《物权法》的颁布才将区别确定下来。

法律依据：

《担保法》第79条： 以依法可以转让的商标专用权，专利权、著作权中的财产权出质的，出质人与质权人应当订立书面合同，并向其管理部门办理出质登记。质押合同自登记之日起生效。

《物权法》第227条以注册商标专用权、专利权、著作权等知识产权中的财产权出质的，当事人应当订立书面合同。质权自有关主管部门办理出质登记时设立。

知识产权中的财产权出质后，出质人不得转让或者许可他人使用，但经出质人与质权人协商同意的除外。出质人转让或者许可他人使用出质的知识产权中的财产权所得的价款，应当向质权人提前清偿债务或者提存。