一是公安机关与审判、检察机关地域管辖上的冲突。法院、检察和公安部门对管辖权的理解不一致，解释也各不尽相同，在案件的立案、批捕、起诉和审判环节上经常会出现由于这一原因而不能顺利进入诉讼程序的现象。

二是同一机关内部地域管辖的冲突。主要表现为行为地与结果地、主行为地和从行为地、先受理地和后受理地等管辖冲突等。一些案件中，某地公安机关侦查后，向外地公安机关移送，而被移送地公安机关以移送地公安机关有管辖权为由不予接受，导致案件送不出、诉不了。

三是级别管辖上的冲突。公安部门内部对于级别管辖还没有出台可操作性的标准，导致各地在级别管辖上比较混乱。