依据《商标法》及其《商标法实施条例》的规定，国家工商行政管理总局商标评审委员会负责处理以下商标争议案件：(1)商标注册申请人不服商标局驳回商标注册申请的决定，向商标评审委员会申请复审的案件；(2)当事人不服商标局的异议裁定，向商标评审委员会申请复审的案件；(3)对已经注册的商标，根据商标法的规定，当事人向商标评审委员会请求裁定撤销的案件；(4)不服商标局作出的撤销已经注册的商标的决定，依据商标法的规定向商标评审委员会申请复审的案件。

[法律依据]《商标法实施条例》第28条；《商标评审规则》第2条。