就业协议和劳动合同有着本质的区别。就业协议是针对在校学生设计的，由学校、用人单位和学生三方共同签署后才能生效的协议。而劳动合同是学生毕业之后作为劳动者个体与用人单位确立劳动关系、明确双方权利和义务的协议。就业协议执行中发生纠纷，属民事纠纷，而签订劳动合同后发生纠纷，则属于劳动争议，由劳动争议仲裁部门解决。