根据《最高人民法院关于适用<中华人民共和国民事诉讼法>若干问题的意见》第73条、《最高人民法院关于民事经济审判方式改革问题的若干规定》第3条以及《民事证据规则》第16条、第17条的规定，由当事人申请人民法院调查收集的证据包括以下几项：

1．申请调查收集的证据属于国家有关部门保存并须人民法院依职权调取的档案材料；

2．涉及国家秘密、商业秘密、个人隐私的材料；

3．当事人及其诉讼代理人确因客观原因不能自行收集的其他材料。所谓客观原因，是指超出当事人意志的、当事人无法控制的原因。人民法院应慎重认定“客观原因”，以强化当事人举证。此外，根据《民事证据规则》的规定，除人民法院认为审理案件需要依职权调取证据的以外，其他当事人因客观原因无法收集的证据应由当事人提出申请。