一、新三板扩容的风险
个人投资者投资“新三板”是“新三板”扩容的结果。而“新三板”一旦扩容，那么，扩容后的“新三板”就不再是扩容前的“新三板”了。扩容前的“新三板”基本上是一个“示范板”，挂牌公司都是比较优秀的，其中近半数公司基本符合创业板上市条件，投资者投资扩容前的“新三板”风险相对较小。但经过扩容后，“新三板”公司鱼龙混杂，绝大多数公司难以上市，不少公司甚至随时都会倒闭。投资扩容后的“新三板”，投资者的风险要大得多。
二、公司上不了市的风险
“新三板”对于投资者最大的诱惑莫过于股票转板上市。但对于扩容后的“新三板”来说，投资者要捕捉到可以成功转板的公司困难将会大得多。根据推算，未来将有上万家企业在“新三板”挂牌，届时“新三板”将成为名符其实的“垃圾板”，在垃圾里淘金，这不是一般的投资者能够做到的。而且即便投资者淘到了“东土科技”这种上会公司，但由于最终上市被否决，投资者还是要承担股价大幅下跌带来的风险。
三、信息不对称的风险
“新三板”公司原本就是非上市公司，其管理并不规范，信息披露容易出现问题，各种损害投资者利益的事情时有发生。有利好消息，知情人提前买进，有利空消息，知情者提前卖出。作为散户来说，始终都是受害者。
四、企业破产的风险
在“新三板”挂牌的公司并非是上市公司，它们的命运与大海中的小船一样，破产或倒闭将是“新三板”公司不可回避的事情。加上这些公司本身又缺少透明度，信息不对称的原因，中小投资者无疑将会是“新三板”公司破产或倒闭的买单人。
五、股票交易风险
目前主板、中小板、创业板挂牌交易的公司都是正式的上市公司，其股票交易采取的是在每周五个交易日规定的交易时间段里连续交易，因此，除了出现涨停跌停这种特殊情况外，不会出现买不到股票或卖不出股票的情况。但“新三板”挂牌的公司是非上市公司，其股票交易并不是连续交易，而是集合竞价方式进行集中配对成交，投资者买卖股票很不方便。想买买不到，想卖卖不出，这是投资者经常遇到的风险。
