软件著作权案件会涉及大量关于软件开发的源代码等知识，公安人员，检察人员，审判人员没有相关的专业技术知识，在办理案件过程中更多的是依靠软件著作权鉴定报告来解决对技术方面的认知。一份合格的软件著作权鉴定报告是对案件的有力佐证，而一份“坑爹”的软件著作权鉴定报告往往会成为犯罪嫌疑人的毒药。
国内现状：
目前国内软件著作权诉讼中都存在着一种“唯鉴定结论是从”的倾向，这其实是一种误区。影响软件著作权鉴定结果的因素是多方面的。司法鉴定强调独立性，但实践中由于受个方面的影响并非每一份鉴定结论都是独立作出的。
司法实践中存在影响独立进行鉴定的方面主要有：
(一)非专业人员滥竽充数。专业性是司法鉴定权威性的必要保证，在有些技术性强的鉴定项目中尤为重要。虽然都是知识产权鉴定专家，但集成电路专家对软件问题进行鉴定，就不能责怪当事人对鉴定结论的客观、真实、科学性提出质疑;虽然都是工程机械专家，但是桩工机械则是工程机械的分支，由一般工程机械专家对桩工机械某项技术参数是否非标尺寸进行商业秘密鉴定，不能信服。
(二)鉴定结论偏向委托人。由于社会鉴定机构与鉴定人一般都是有偿提供鉴定服务，“受人钱财为人说话”，有什么委托内容，就有什么鉴定结论的现象不能说不存在。多头鉴定、重复鉴定、违规鉴定，与鉴定费谁出不无关系。如发生在本市的某侵犯商业秘密罪司法审计，委托人认为审计数额太高，2千万元获利即刻减半，已成文的审计结果说变就变。
(三)鉴定人员过度了解案情。鉴定人不同于证人。鉴定结论是在基础证据上形成的新的证据。为保证鉴定结论的准确性，鉴定人有权了解案情，但了解案情要适度，只能限于与被鉴定问题直接相关的情况，不能用案情解释与被鉴定问题毫无直接联系所出现的差异点，不能用一个鉴定结论之间的偶然联系作为另一个鉴定结论的依据，更不能依据案情进行猜测性鉴定。过度了解案情，吃透案情，难免会影响鉴定人独立作出分析判断。
关于保证鉴定报告合格的建议：
(一)鉴定机构和鉴定人员的资质。从本质上说，司法鉴定活动是鉴定人制作、提供证据的活动。坚持独立进行鉴定，才能确保鉴定结论的客观性和公正性。因此必须强化鉴定人资质审查，从事一般鉴定的应取得鉴定人员资格证书，从事特别项目鉴定的人员，应当提出具备专业能力的证明，并应就此接受相对方当事人的质证。
(二)司法鉴定机构和鉴定人员的态度。鉴定机构和鉴定人应该对案件中的专门性技术问题的客观性、科学性、真实性保持负责任态度，该作什么结论就必须作什么结论，而不是只对委托方负责;在接受询问和法庭质证过程中，只就客观事实，站在科学技术立场说话，不能偏袒委托方。
(三)法官对鉴定报告的审查。实际上，我国相关法律规定鉴定结论只是证据的一种，是否采信这种证据，还需要经过质证等程序，最终由法官来决定，不能将鉴定机构无限拔高而成为“庭外庭”。法官对鉴定报告进行了审慎审查后，把不合格的鉴定报告为排除在证据之外。始终坚持以事实和法律为基准审理案件，不为了定罪而审理，做到用证据说话，以法律为准绳。
