1.侵权诉讼中专利无效抗辩的效力
在侵权诉讼中引入专利无效抗辩以后，侵权诉讼受理法院对于该专利无效的认定，究竟是只对该案的双方发生效力，还是发生类似于通过正式无效宣告有权机关作出无效决定以后具有的对世效果（即该专利权被彻底无效）？这个问题类似美国在专利侵权诉讼中的无效宣告是否具有对世效力的研究，一开始，美国在专利侵权诉讼中的专利无效决定只对该案双方当事人发生效力，但是，经过1971 年的布兰德案后，美国联邦最高法院以重复认定一件事实消耗司法资源为由，规定了在一件侵权案中的无效认定对另一案同样有效。
从逻辑上来说，在美国这样的典型判例法国家，如果对专利无效的认定完全是以正式判决的形式出现，则一开始美国州法院在侵权诉讼中有关无效的认定就具有对世的普遍效力，而不必要等到1971年由最高法院规定日后审理同一性质案件时的统一做法。在理论上，专利侵权诉讼中对于专利无效问题的判断，也仅是作为对案件审理中的一个事实认定形式出现，而非其判决本身。
因此，我国假若允许在专利侵权诉讼中进行无效抗辩，也应该只对本案有效。侵权受诉法院可以认定专利权全部无效而作出不侵权判决，但在仅经过侵权诉讼法院通过无效抗辩认定其无效而没有经过正式有权机关宣告其绝对无效的情况下，若专利权人持同一专利在前述侵权案件判决后又起诉另一人，法院不应以该专利在前案已被无效为由不受理或直接判决不侵权。
2.专利无效抗辩与专利无效宣告的区别与协调
提出无效抗辩的理由在于提高中国有关专利审判的司法效率。引入无效抗辩，并不是否认在侵权诉讼中的当事人向正式无效宣告有权机关（例如，目前的专利复审委员会）提出无效宣告请求，也不干涉侵权诉讼受理法院在被告向有权专门机关提出无效宣告请求后，自己决定是否中止诉讼的权力。
美国除了侵权诉讼受理法院进行无效宣告以外，别无其他无效宣告途径，所以，其侵权诉讼法院的无效宣告最终在司法实践上具有对世效力是必然的。而笔者的建议相当于在中国设置了两种宣告专利无效的途径，在这种情况下，为避免正式宣告专利无效的有权机关的职能被架空，我们应该对经两种途径的无效宣告效力作出区别规定，以互相弥补。所以，应该明确，侵权诉讼中的无效抗辩只对侵权诉讼本案有效，其无效认定无需通知原专利授权行政机关公告，而正式无效宣告机关的裁决则将该专利绝对无效。
以往美国的做法是，专利授权后，专利商标局便失去了对专利效力问题过问的权限，只有在专利侵权诉讼发生时，才能由联邦法院根据请求对专利的效力问题作出判决。但近年来，随着美国日益增多的专利确权纠纷，对专利效力问题作出高效率的官方认定的需求，促使美国专利商标局在其21 世纪知识产权战略中提出探索保留第三方向专利局请求复审即再审的权利，可见其也开始重新审视单由联邦法院统一审理专利确权纠纷的做法了。
为了使正式无效宣告裁决、侵权诉讼、侵权诉讼中的无效宣告抗辩三者相协调，可以增加的规定有：
①专利侵权诉讼中，被告行使无效抗辩并为法院所考虑的情况下，被告同时又就同一理由向专门机关如专利复审委员会提出请求，侵权诉讼法院一律不中止诉讼，从而达到尽快解决民事纠纷提高专利保护效率的目的。
②专利侵权诉讼案件的审理法官，可以根据自己对专利涉及技术的认知水平（在专利中，有相当一部分是技术含量比较低的产品结构改进，例如，外观设计；还有一些专利是明显完全抄袭现有技术，例如，抄袭了公开的技术标准。从目前专利保护司法实践案例来看，这些专利所引起的诉讼不在少数。而在这些案件中，只要掌握了专利授权条件的法律规范，就可以很简单明晰地判断专利是否有效，这都为法官对涉及简单技术的专利无效抗辩作出判断创造了条件），以及被告是否已经向专门机关提出无效宣告请求，来确定是否接受专利无效抗辩。
