对软件著作权的保护并不是绝对的，也存在一定的例外。 在此，有必要划清思想与表现、 公有领域与专有领域的界限。
首先，在知识产权领域， “有两条普遍可见的原则：
( 1) 著作权保护形式的创作者;
( 2) 形式应是独创的” 。
首先，思想，与普通具有著作权的作品一样，著作权法是无法给予保护的，一方面是由于其过于抽象，另一方面也无法通过法律这种强调表征与证明的手段去处理对于思想的保护问题。 计算机软件作品当然也无法例外。 但是，形式，著作权法是可以保护的。 保护的重点与关键在于对其独创性的保护。 其次，作品，包括计算机软件作品有一种重要的效用，即传播。 所以，合理的学习与吸收，只要不是抄袭与复制，即不属于侵犯著作权的行为。 普通作品著作权方面的 “合理使用” 原则也是佐证。
至于合理使用行为，条例第十六条规定，软件的合法复制品所有人享有下列权利:
( 1) 有权将软件安装在能够处理信息的设备内，如计算机等。
( 2) 有权制作备份的复制品，以防止设备损坏。他人无权使用这些复制品。
( 3) 对软件进行必要的修改，以使该软件在特定的环境下也能够得以应用; 但是，这样修改后的软件不得擅自向他人提供。
依据条例第十七条的规定，合法持有计算机软件 (如以合法途径获得软件作品使用权或者使用许可)之后，可以对其进行必要的复制甚至修改。但是软件作品的复制品或修改之后不得擅自提供给第三人。
实践当中，针对计算机软件作品，从不同的角度，可以对合理与非合理使用进行相应的区分。
第一，从合法性上，即看计算机软件作品是否是权利人通过合法手段取得的。
第二，从使用目的上，主要是看权利人是否将计算机软件作品用来商业化盈利。
第三，从使用数量上来看，需限定于 “少量” 。至于这个量如何进行判定，可以结合目的、行业管理甚至是一般的常识进行综合判定。
第四，从作品内容来看，不仅应该对于运行结果进行判定，更要结合相应代码的录入与编写进行综合判定。
另外，在处理纠纷过程中也要注意以下几个问题：
第一、对于软件同一性鉴定，主要依据的法律、法规包括：
（1）《计算机软件保护条例》2002年1月1日起施行；
（2）《北京市高级人民法院关于审理计算机软件著作权纠纷案件几个问题的意见》1995年6月21日。
其中，《计算机软件保护条例》第二条规定，“本条例所称计算机软件(以下简称软件)，是指计算机程序及其有关文档。”该条例第三条第二款规定，“计算机程序，是指为了得到某种结果而可以由计算机等具有信息处理能力的装置执行的代码化指令序列，或者可以被自动转换成代码化指令序列的符号化指令序列或者符号化语句序列。同一计算机程序的源程序和目标程序为同一作品。
依据上述规定，比对两个软件是否具有同一性，应遵循以下原则：
（1）比对二者的目标程序二进制代码、源程序代码和有关文档是否构成相同或实质性相似。
（2）若二者比对项的相应内容完全相同，则二者的比对项具有同一性。
（3）若二者比对项的相应内容不完全相同，但比对项的必要部分、或主要部分没有本质区别，属于实质性相似，则二者的比对项仍具有同一性。
（4）若二者比对项的相应内容不完全相同，且具有本质区别，不构成实质性相似，则二者的比对项不具有同一性。
（5）若二者比对项的相应内容完全不同，则二者的比对项不具有同一性。
（6）一般情况下，当二者的目标程序二进制代码构成相同或实质性相似，则二者的目标程序具有同一性；当二者的源程序代码构成相同或实质性相似，则二者的源程序具有同一性；当二者的目标程序或源程序具有同一性，则比对的两个软件具有同一性。
第二、如何做一份强有力的计算机软件司法鉴定
计算机软件司法鉴定均表述为软件同一性鉴定，同时也是针对软件源代码的同一性鉴定，所做的工作主要集中于比对源代码。通过软件代码对比工作来确定鉴定双方是否存在相同或相近似，以确认是否存在软件侵权行为；
为此，有力的计算机软件同一性司法鉴定报告对软件侵权案件的重要意义不言而喻。那么我们应该如何更好的进行软件同一性鉴定呢？
我们依照所办理的案件可以明显的感觉到：聘请专业的软件侵权律师与对口的司法鉴定机构，是您办理软件侵权案件的基础；
我们提供准确的计算机软件司法鉴定指导，以精确达成案件诉求 ；同时，我们更擅长制作用于公安报案的软件同一性对比鉴定报告，助推客户获取公安机关的立案。
专业的软件侵权律师能更好的提炼侵权事实，组织有效证据链条；对口专业的司法鉴定机构更好的固定侵权事实，同时能减少被告质疑，确定诉讼效果的达成。
