结合目前的软件侵权形式，很多客户逐步的发现单纯的软件著作权登记无法应对日益变化的软件侵权形式，这是因为软件著作权登记重点保护的是表达的方式，而一旦涉及到二次开发等有技术实力的软件盗版行为将在后期软件侵权鉴定对比时遇到较大的障碍，且这种侵权现象不断蔓延。为此，权利人应积极介入商业秘密保护的方式加强对计算机软件知识产权的保护工作，现权利人问题主要表现如下：
一、对计算机软件的经济特征、技术特征及风险特征认识不足
以计算机技术为龙头的经济时代，软件产业是计算机产业中的重中之重。计算机软件产品具有以下明显的特征：
(1)经济特征：计算机软件产品具有高投入，高回报，开发周期短，更新速度快的特征;
(2)技术特征：计算机软件具有知识密集，竞争力极强的高科技产品，是拉动计算机和通信业等产业的龙头产品。
(3)风险性特征：计算机软件的脆弱性。
一是，表现为软件易复制性、易传播性。被他人复制传播的手段、传播的时空，无法控制。二是，表现为计算机软件的开发对人的依赖性。无论发生那种情况，软件开发前期的投入，瞬间就可能变成泡影，化为乌有，可能使多年经营的企业毁于一旦。
二、对商业秘密与企业发展的关系认识不足
随着市场经济的建立与发展，企业在市场经济中面临的竞争越来越激烈，商业秘密成了企业生存发展的秘密武器，企业在市场经济中日渐显示出其特殊的竞争地位，企业商业秘密一旦受到侵犯，轻者使企业丧失竞争优势，重则危及企业的生存。正是由于计算机软件产品有如上所述的经济、技术和风险等特征，使它迅速地变成为市场激烈竞争的对象。重视企业的商业秘密的保护，是提高企业竞争能力所需，是市场经济发展所迫。
三、对现有法律的保护的方式认识的还不够充分
目前，我国对计算机软件的保护，主要是依据《著作权法》和《计算机软件保护条例》两个法律调整。由于立法的目的和调整对象的限制，它的调整范围只能以计算机软件作品的表现形式为限，尚不能完全实现对计算机软件深层次的保护，而且保护的力度也受到法律的限制。从法院受理的大量的计算机软件侵权纠纷案件明显地反映出，侵权纠纷已经不是停留在对软件的简单拷贝、抄袭上，而是已经更多地涉及到软件开发中更深层次的问题，即软件的核心技术问题，已经超出了上述法律和条例的保护范围。
四、对计算机软件使用商业秘密保护缺乏理论研究和实践经验
由于在理论上缺乏研究和在实践上又缺乏经验，在发生纠纷诉讼到法院后，软件权利人竟不知道如何说明和证明自己的软件的商业秘密所在，举证艰难，且诉讼成本很高。在有些案件中，由于软件的权利人举证不能或不利而无情地承担了败诉的法律后果。
建议企业在对软件进行商业秘密保护时聘请专业的律师团队参与制定相关的保护策略，而不是等到事情发生后才发现维权难处。
