一．因档案问题克扣工资合法吗
单位的做法是违法的，及其配套法规规定，用人单位与劳动者建立时，禁止向劳动者收取风险抵押金。您可以拿出法律规定与单位协商一下，关键时，还可以向劳动监察部门举报。至于单位所称薪金保密的问题，我认为保密只能是针对其他员工，对当事者本人是不存在保密问题的，这完全是单位的托．
二．延长工作时间的工资咋支付
1、在法定工作日的标准时间以外延长工作时间的，支付不低于本人工资标准的150%的工资报酬；
2、在休息日安排工作而又不能安排补休的，支付不低于本人工资标准的200%的工资报酬；
3、法定休假节日（如元旦、春节、国际劳动节、国庆节等）安排工作的，支付不低于本人工资标准的300%的工资报酬。
