一、怎么计算加班费？
《上海市企业工资支付办法》第九条之规定，假期工资的计算基数按以下原则确定：劳动合同有约定的，按不低于劳动合同约定的劳动者本人所在岗位（职位）相对应的工资标准确定。
同时，上海市高级人民法院《民一庭调研与指导》民一庭调研指导【2010】34号明确规定：用人单位与劳动者对月工资有约定的，加班工资基数应按双方约定的正常工作时间的月工资来确定；如双方对月工资没有约定或约定不明的，应按《劳动合同法》第18条规定来确定正常工作时间的月工资，并以确定的工资数额作为加班工资的计算基数。
综上所述，根据上述法律规定，加班工资基数应当按照用人单位与劳动者约定的正常工作时间月工资确定。
因此，用人单位在规章制度中规定的加班工资基数低于上述标准，那么违反法律的强制性规定，属于无效的条款；用人单位应当按照法律规定的标准补足加班费差额部分。
二、加班费差额如何举证？
根据现行法律规定：
（1）应当由劳动者提供证据材料证明其存在加班的事实；比如工资单、考勤卡。
（2）如果劳动者证明相关的证据材料由单位掌握，那么单位应当提供。根据现行的法律规定，用人单位有义务提供员工离职前2年内的工资单备查。如果单位不提供，将承担不利的法律后果。
若劳动者没有保留工资单，则用人单位需要提供两年的工资单，劳动者只能获得就这两年的加班工资差额部分。
该公司的《员工手册》长时间未进行修改，劳动合同法在司法实践中法律变化很快，上海市高级人民法院内部指导意见专门对这个问题进行了说明，明确了合同中对工资有约定的，应当按照工资来支付加班费，具体的内容与一审法院中判决写明的理由相同。因此，作为用人单位应当掌握最新的劳动法律，并根据法律的变化及时修改相应的规章制度，避免相应的风险。
