专利诉讼案件，不同于普通的行政或民事案件，不仅在级别管辖上有特别的规定，在地域上也有专门的规定。
一、专利行政案件
1、以专利复审委为被告的专利行政案件。
根据相关法律及司法解释，这类案件均由北京市中级人民法院作为第一审法院，北京市高级人民法院作为第二审法院。
因为专利复审委所属的国家知识产权局地处北京市海淀区，从地域上属于第一中级人民法院管辖，因此，北京市高级人民法院在2002年8月作出规定，这类案件暂均由北京市第一中级人民法院管辖。
在法院内部，专利行政案件还分为行政审判庭审理和民三庭审理两种情况，一般原则是：在相关专利没有任何民事纠纷的情况下，这类行政案件由行政审判庭审理；在相关专利涉及民事纠纷并且在法院立案的情况下，这类行政案件由民事审判庭审理。
2、以国家知识产权局为被告的专利行政案件。
根据相关法律及司法解释，这类案件均由北京市第一中级人民法院作为第一审法院，北京市高级人民法院作为第二审法院，而且案件由行政审判庭审理。
3、以管理专利工作的部门为被告的专利行政案件。
根据2001年的《最高人民法院关于审理专利纠纷案件适用法律问题的若干规定》第一条规定，不服管理专利工作的部门作出的行政决定的案件属于专利纠纷案件，而该《若干规定》第二条明确规定了“专利纠纷第一审案件，由各省、自治区、直辖市人民政府所在地的中级人民法院和最高人民法院指定的中级人民法院管辖”。所以，对管理专利工作的部门的具体行政行为不服的，管辖法院不一定是以行政机关所在地的法院，必须是有专利纠纷案件管辖权的中级法院。
二、专利民事案件
除遵守一般的原告就被告原则外，专利民事案件同样必须到有专利纠纷案件管辖权的中级人民法院提起一审诉讼。对于专利合同案件，只要一审法院具有专利纠纷案件管辖权，被告所在地法院、合同履行地法院、合法的合同约定的法院都可以管辖。对于专利侵权案件，在一审法院具有专利纠纷案件管辖权的情况下，侵权行为发生地、侵权结果发生地、任何一个侵权人所在地的法院都有管辖权。
在专利侵权诉讼案件中，侵权人可能是制造商、销售商或者对侵权产品进行商业使用的商家，所以，原告比较选择侵权诉讼的管辖法院。
三、专利纠纷案件的管辖法院
截至2006年11月22日,我国专利纠纷案件一审管辖法院共计59个中级法院：
27个省、自治区的政府所在地的中级法院，四个直辖市的8个中级法院，24个最高院指定的中级法院：深圳、珠海、汕头、佛山、东莞、江门、中山、厦门、泉州、温州、宁波、金华、苏州、南通、青岛、烟台、潍坊、大连、葫芦岛、景德镇、宜春、株洲、绵阳、包头。
刘立国律师办案心得：简单的案件复杂化，复杂的案件简单化。
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