第一，先确定国家秘密事项，再确定商业秘密事项。
企业先按《国家秘密及其密级具体范围的规定》，把本企业中属于国家秘密的事项按法定程序确定出来。例如，建筑工程中的国家秘密事项，应按1990年10月8日，中国建筑工程总公司、国家保密局关于《中国建筑工程总公司系统国家秘密及其密级具体范围的规定》的第二条规定，确定出企业建筑工程中的国家秘密事项，然后对没有确定为国家秘密的事项，按商业秘密的构成要件，确定是否属于本企业的商业秘密。
第二，在《国家秘密及其密级具体范围的规定》的“内部事项”中，确定商业秘密。例如，《中国建筑工程总公司系统国家秘密及其密级具体范围的规定》第四条规定，“建筑工程中下列事项不属于国家秘密，但应当作为内部事项管理。”第（一）项，总公司编印的《建工情况》、《内审简报》、《监察简报》，可确定为中国建筑工程总公司的经营信息类商业秘密；第（三）项，承担国内工程项目的招标、投标的标底，可确定为总公司所属各企业、各单位的商业秘密。
第三，可按国家秘密事项中降格的方法来确定企业中的商业秘密。例如，《中国建筑工程总公司系统国家秘密及其密级具体范围的规定》中秘密级事项共七项，其中，第（一）项：尚未公开的中建总公司中、长期发展规划、投资计划及年度计划，定为秘密级国家秘密。那么各地方的建筑工程总公司的中、长期发展规划、投资计划及年度计划，就可定为各单位、各企业的商业秘密。第（三）项：建筑、勘察、设计、施工、安装方面的重大发明创造，新产品的关键技术、工艺、决窍、参数、措施等，可定为秘密级国家秘密；这些方面重大发明创造，居国内领先地位或本地区独有的科技成果、工艺、决窍、等可以考虑定为各单位、各企业的商业秘密。
第四，严格按照商业秘密具备的几个要件即“不为公众所知悉、能为权利人带来经济利益、具有实用性”的标准来确定。
第五，坚持由基层单位申报，企业保密委员会或者负责人审批的程序。
第六，实行随时产生随时确定和动态管理。
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