一、房屋租赁违约金如何开票
根据《中华人民共和国增值税暂行条例》(中华人民共和国国务院令第538号)规定：
“第一条在中华人民共和国境内销售货物或者提供加工、修理修配劳务以及进口货物的单位和个人，为增值税的纳税人，应当依照本条例缴纳增值税。”
根据《中华人民共和国营业税暂行条例》(中华人民共和国国务院令540号)规定：
“第一条在中华人民共和国境内提供本条例规定的劳务、转让无形资产或者销售不动产的单位和个人，为营业税的纳税人，应当依照本条例缴纳营业税。”
根据《中华人民共和国发票管理办法》规定：
“第三条本办法所称发票，是指在购销商品、提供或者接受服务以及从事其他经营活动中，开具、收取的收付款凭证。”
根据上述规定，某企业将房屋租赁给A公司，未到期因故某企业将房屋收回，某企业应付A公司违约金20万，对A公司收取的违约金20万，在未销售货物或者提供加工、修理修配劳务及未提供营业税应税劳务的情况下收取的违约金，不属于增值税及营业税的征税范围，不征收增值税及营业税。同时不属于发票管理范围，收取违约金方不需要开具发票，开具收款收据即可。但按规定应缴纳企业所得税。
上述回复仅供参考。有关具体办理程序方面的事宜请直接向您的主管或所在地税务机关咨询。
二、延期交房的违约金赔付标准
如果合同约定的违约金过低，不足以弥补实际损失的，依据合同法的规定可以请求增加赔付额。建议分别提起诉讼，由于内容基本相同、又是同一被告，为节约诉讼成本法院会考虑并案审理。实践中有很多这样的案例。违约金是可以约定的，具体没有法律规定万分之一这个说法，但违约金是有限制的，根据《最高人民法院关于审理商品房买卖合同纠纷案件适用法律若干问题的解释》第十六条规定：当事人以约定的违约金过高为由请求减少的，应当以违约金超过损失的30%为标准适当减少;当事人以约定的违约金低于造成损失为由请求增加的，应当以违约金造成的损失确定违约金数额。
