法律问题：
我是一家小型建筑公司，2013年1月通过招投标于房地产公司签订了一份施工合同，并到当地建设局进行了备案，合同签订后我们又签订了一份补充协议，对原合同价款进行了调整，增加了6%的工程款。施工完毕后，双方进行了结算，一致认可按照第二份补充协议结算工程款，双方签订了结算协议，并且加盖公章。现甲方反悔，认为第二份补充施工协议违反招投标法规定，属于无效合同，双方签订的结算协议也无效，应当按照第一份备案施工合同约定结算工程款，请问甲方的主张有法律依据吗？
解答如下：
根据《最高人民法院关于审理建设工程施工合同司法解释》第21条规定：“当事人就同一建设工程另行订立的建设工程施工合同与经过备案的中标施工合同实质性内容不一致的，应当以备案的中标合同作为结算工程款的根据。因此，在建设工程施工完毕后，双方对于工程款的结算，应当以备案施工合同为结算依据。但是对于双方已经按照真实意思表示进行结算，并签订结算协议的情况下，该结算协议是一份独立的合同，真实有效。虽然黑合同无效，但是双方协商一致达成的结算协议不因此无效。根据《合同法》第8条规定，依法成立的合同，对于当事人具有法律约束力，当事人应当按照合同约定履行，任何一方不得擅自变更或者解除合同。
因此，你们与甲方后来签订的第二份补充协议虽然无效，但是你们又与甲方进行了结算，该结算是你们双方真实的意思表示，应当合法有效，双方应当按照独立的结算协议履行工程款的给付。
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