《侵权责任法》实施以后，医学会进行医疗损害鉴定存在以下问题：
1、医学会医疗损害鉴定的制度性免责
2002年以前的医疗纠纷处理，主要是依据1987年国务院颁布的《医疗事故处理办法》，由各级医疗行政管理部门进行鉴定。这种鉴定模式对于医方的不利之处在于，鉴定行为是一种具体行政行为，医疗纠纷当事人对鉴定结论不服，可以将卫生行政主管部门作为被告提起行政诉讼。并且由卫生行政管理部门对鉴定结果负责。这对于医方，特别是医疗卫生行政主管部门是一件巨大的麻烦事。
2002年国务院发布《医疗事故处理条例》，卫生部发布《医疗事故技术鉴定暂行办法（试行）》，在这种新的制度下，由医学会临时组织专家进行不记名的秘密鉴定，实现了鉴定机构和鉴定人的双重免责。因而，在医疗纠纷的行政处理中，医方成功地实现了鉴定环节中鉴定机构及鉴定人的制度性免责。
《侵权责任法》实施后，这种制度性免责也成功地从旧的二元化过渡到了新的二元化而继续存在，从而对医学会所从事的医疗损害鉴定的鉴定机构和鉴定人起到良好的保护作用。
2、医学会医疗损害鉴定专家自我保护心理
医学会医疗损害鉴定的鉴定模式属于在职同行间的相互鉴定。鉴于临床医疗工作的高风险性及风险的难以控制性，几乎每位鉴定专家都会有同样的顾虑，假如自已经将来发生了医疗纠纷，别的同行来鉴定自已的医疗行为时会怎样，这样的思想顾虑必然导致鉴定人的鉴定行为朝向明哲保身的方向去行使自已的鉴定权利。这种明哲保身的心理，往往让医学会专家作出鉴定时偏向、袒护同行，同时这种心理也会让医学会的鉴定专家不愿意出庭接受质证。与此同时，医学会鉴定专家在作出有利于同行、不利于患方的不公正鉴定结论后，往往因为惧怕患方报复而不敢出庭。因此可以预见，医疗损害鉴定新二元化体制下的医学会专家出庭接受质证的问题，只可能停留在一纸规定上，现实中更多的会出现“鉴定专家确因特殊原因无法出庭”而请求人民法院准许以书面答复当事人的质询。可以预测，如果法律明确规定医学会实施的医疗损害鉴定实行鉴定人负责制，医学会将难以请到相应的鉴定专家去进行鉴定。
3、没有制约的权利往往带来不公正的鉴定结果
有研究认为，医学会从事的医疗损害鉴定，是专家组从事的鉴定，而不是鉴定人所从事的鉴定。由于专家组是一个临时性秘密组织，这种临时性组织既不是法人，也不是自然人，这样其所作的鉴定结果，没有人会承担民事责任。然而，在医学会所从事的医疗损害鉴定中，鉴定人却享有绝对的鉴定权，可以不受任何约束作出鉴定结论，鉴定人是否存在故意作出虚假鉴定也难以认定。由于鉴定是处于一种秘密的保护状态而无须承担任何责任[3]。
可以想像，在这种管理制度下所进行的医疗损害鉴定，什么样的鉴定结果都可能发生。以某省（市）级医学会的某一鉴定结果为例，某58岁妇女，因左颈部脓肿住院治疗，医方诊断为左颈部淋巴结结核，进行左颈部淋巴结结核清除术，术中未找到、也未切除任何肿大淋巴结，手术切除组织经三家国内著名医院病理科检查及被告医院本院病理科检查，均未查出有结核性病变，也就是说该案患者不存在颈淋巴结结核。因手术导致“副神经损伤、耳大神经损伤、胸锁乳突肌神经源性损伤、药物性肝炎”而发生医疗纠纷。依据前述医疗事实，经某省（市）、市（区）两级医学会鉴定，均认定“医院根据患者病史、症状、体征作出左颈部淋巴结结核的诊断是正确的，有手术指征”，从而认定不构成医疗事故。依据该鉴定结论，该案一审、二审患方均被判决败诉。患者申诉到省（市）高级人民法院申请再审，该高级人民法院仍然依据两级医学会鉴定结果判决患者败诉。目前患者长期上访。
然而，现代社会文明不可能允许任何民事行为或行政行为只拥有权利而不承担责任，因此从根本上改革医学会进行的医疗损害鉴定，势在必行。
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