用人单位与员工既可在劳动合同中约定保密条款，也可以订立专门的保密协议。但无论选择何种方式，都应当采取法定的书面形式，并做到条款清晰、明确。
1、遵循公平原则，兼顾双方的利益。我国《劳动法》第22条规定：劳动合同当事人可以在劳动合同中约定保守用人单位商业秘密的有关事项，这是劳动领域中订立保密协议的法律依据。《合同法》第5条规定：当事人应当遵循公平原则确定各方的权利和义务。保密协议跟其他协议一样，首先必须遵循公平、平等的原则，才具有法律效力。
2、明确保密范围。不同的企业和同一企业的不同时期，所持的商业秘密是不一样的，在约定保密内容时，务必把需要保密的对象、范围、内容和期限等明确下来。此外，当商业秘密具有企业无形资产和职工个人劳动成果双重性质时，例如广告公司策划人员的创意工作、IT公司技术人员完成的编程、数据库等，应当特别注意明确其性质属于个人著作权还是公司商业秘密？当事人是否要承担保密义务。
3、明确保密主体和保密义务期限。除保密岗位和技术岗位这两种涉密岗位以外，一般员工（包括不承担保密义务的人员）在工作中有意或无意获悉公司的商业秘密时，也应该列入保密主体的范围，承担保密责任；掌握了商业秘密的员工的家属、朋友，对保守商业秘密也应该履行同等义务。
虽然法律规定，保守公司商业秘密的义务不因劳动合同的解除、终止而免除，但由于商业秘密存在过期、被公开或被淘汰的情况，因此最好还是约定保密义务的起止时间。此外，保密主体在用人单位授权、司法调查或用于个人学习研究等特殊情况下使用商业秘密的，均可不视为违约。
4、采取竞业限制、脱密期保护等特殊方式操作时应当规范。竞业限制一般表现为，要求在职职工不得到同类企业兼职、离职后未经同意不得到原企业竞争对手处任职、不得自行组建同类企业参与竞争、不得唆使原单位的其他员工接受外界聘用、不为企业竞争对手提供咨询、建议服务等。参照原劳动部《关于企业职工流动若干问题的通知》、国家科委《关于加强科技人员流动中技术秘密管理的若干意见》，竞业限制的时间一般不得超过3年。用人单位还必须支付一定数额的经济补偿，一般不得少于该员工离开企业前最后一个年度从该企业获得的报酬总额的2/3。
约定脱密期的适用对象一般只限于掌握企业重要商业秘密的技术人员和管理人员。用人单位可采取调换岗位、变更劳动合同内容等措施，对有关人员做脱密处理。但在时间问题上，应当参照《关于企业职工流动若干问题的通知》等规定，一般不得超过劳动合同解除或终止前6个月。
5、明确违约的情形及法律责任。违约金数额一般不超过职工所知悉的公司商业秘密的许可使用价格；职工违反竞业限制条款的，违约金一般不超过补偿费的1至2倍。
对于侵犯商业秘密的行为，原劳动部《违反〈劳动法〉有关劳动合同规定的赔偿办法》规定，职工违反保密协议造成用人单位损失的，应当按《反不正当竞争法》第20条的规定支付用人单位赔偿费用。以上规定仅适用于保密协议没有明确违约责任的情况。若其他用人单位与员工共同对原用人单位造成损失的，可同时要求该单位承担连带赔偿责任，其份额一般不低于赔偿总额的70%。此外，我国民法、刑法也规定了相关的救济途径，在此不再赘述。
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