商业秘密保密协议的内容应包括以下商业秘密保护条款：
(一)商业秘密的范围。企业应当在合同中明确界定哪些技术和信息属于商业秘密。避免笼统的将所有的信息或技术都约定为商业秘密，这样在实践中不易操作，发生争议时也不利于举证。需要引起注意的是当商业秘密具有企业无形资产和职工个人劳动成果双重性质时，应当特别注意明确其性质属于个人著作权还是公司商业秘密，当事人是否要承担保密义务。
(二)保密主体。一般来讲在保密岗位、技术岗位工作的员工是主要的保密主体。当然，企业还应当根据自身的性质和情况分析确定企业中的哪些人员掌握了商业秘密。对于某些不在保密岗位和技术岗位的普通员工，在工作中有意或无意获悉公司的商业秘密时，也应该列入保密主体的范围。
(三)保密期限。鉴于商业秘密的性质，只要其不被公开就可以永远保持其秘密性，因此企业可以在保密协议中约定不仅在劳动合同存续期间，而且在劳动合同变更、解除、终止后直至商业秘密公开为止，员工都不得披露使用或许可他人使用企业的商业秘密。
(四)保密义务和泄密行为。在保密协议中应当明确员工保守商业秘密的具体义务，确定员工的哪些行为属于泄密行为。
(五)违约责任和赔偿方式。在保密协议中应当明确哪些情况属于违约，发生违约时如何计算赔偿数额，这一内容是企业日后向违约员工主张权利的重要依据。因为一般来讲，当侵犯商业秘密的情况发生时，要确定企业所遭受的损失相当困难，而我国立法在这方面的规定也不完善，如果没有明确约定违约情况和赔偿标准，则企业损失的弥补将难以实现。
