一、企业如何变更工时制度
根据 《劳动合同法》第四条规定，用人单位应当依法建立和完善劳动规章制度，保障劳动者享有劳动权利、履行劳动义务。用人单位在制定、修改或者决定有关劳动报酬、工作时间、休息休假等直接涉及劳动者切身利益的规章制度或者重大事项时，应当经职工代表大会或者全体职工讨论，提出方案和意见，与工会或者职工代表平等协商确定。用人单位应当将直接涉及劳动者切身利益的规章制度和重大事项决定公示，或者告知劳动者。
因此，在生产经营过程中，用人单位欲变更原标准工时为综合计算工时制时的，鉴于工作时间和休息时间是劳动合同的必备条款和重要内容，该条款的变更涉及到劳动者的重大切身利益，应经职工代表大会或者全体职工讨论，与工会或者职工代表平等协商确定，并根据国家关于实行特殊工时制的审批办法报经相关劳动部门的审批同意，向劳动者公示。
二、企业能否强制员工变更工时制度
经过一系列复杂程序制定的新工时制并不因为上述程序的合法而当然的发生对劳动者原劳动合同工时的变更。如果劳动者认为新工时制损害到自己的合法即得权益 （实行综合工时制后，劳动者周六、日加班的200%工资将被合法的减少至150%），不愿意执行新工时制，仍同意执行劳动合同中约定的标准工时制或者实际履行的标准工时制作为自己的工作时间并申请仲裁或者诉讼要求确认的，应当得到仲裁委或法院的支持。
因为，劳动合同约定的标准工时制在先，新批准的综合计算工时制在后，根据 《劳动合同法》第35条，变更劳动者劳动合同条款需要和劳动者协商一致并采用书面形式，因此如果劳动者不同意变更劳动合同所约定或者实际履行过程中已经成为事实的标准工时制，拒绝签订变更劳动合同 （变更工时）协议书，则会出现这么一个情况：公司规章制度工时制与劳动合同约定的工时制不一致。
也就是说，规章制度规定是综合计算工时制，而劳动者的劳动合同却约定的是标准工时制。
在这种情况下，根据 《最高人民法院关于审理劳动争议案件适用法律若干问题的解释 （二）》第十六条规定： “用人单位制定的内部规章制度与集体合同或者劳动合同约定的内容不一致，劳动者请求优先适用合同约定的，人民法院应予支持”。
因此，针对用人单位要求实行新工时制度时，劳动者并非只能被动接受，劳动者有权优先选择适用劳动合同所约定的工时制。
