一、单位能否自行决定工时制度
根据《劳动部关于企业实行不定时工作制和综合计算工时工作制的审批办法》第七条的规定，中央直属企业实行不定时工作制和综合计算工时工作制等其他工作和休息办法的，经国务院行业主管部门审核，报国务院劳动行政部门批准。
地方企业实行不定时工作制和综合计算工时工作制等其他工作和休息办法的审批办法，由各省、自治区、直辖市人民政府劳动行政部门制度，报国务院劳动行政部门备案。
由此可见，用人单位并不能自行决定实行不定时工作制和综合计算工时工作制，而是必须向相关劳动行政部门申请，获得批准后方可实行，未经批准的，一律无效。
二、单位申请特殊工时制应注意什么
建议用人单位在申请实行不定时工作制或综合计算工时工作制时，采用如下操作流程：
1、用人单位确定实行不定时工作制或综合计算工时工作制的员工范围；
2、制定实行不定时工作制或综合计算工时工作制对员工工作和休息安排的计划；
3、将制定好的计划与工会或适用员工进行讨论，并结合讨论意见进行修改；
4、至相关劳动行政部门填写《企业实行不定时工作制和综合计算工时工作制申请表》，并递交相关申请材料，如企业营业执照副本复印件、组织机构代码证复印件、职工名册、考勤记录等；
5、劳动保障行政部门受理申请后，应当对申请材料进行审查，必要时可以指派两名以上工作员工到申请单位进行核查。劳动保障行政部门应当自受理申请之日起20个工作日内作出是否准予实行不定时工作制或综合计算工时工作制的决定，并书面批复申请单位。因情况特殊需延长审查期限的，经本部门主管领导批准，可延长10个工作日。
6、当然，这只是个标准的流程，各个地方的规定可能会在一些细节有所不同，建议用人单位在申请时可先向当地劳动行政部门进行咨询。
